CASAVA je robustní bioinformatický software vytvořený Illuminou, který funguje na operačním sysému Linux a je používán pouze u platformy HiSeq. Po sekvenačním běhu HiSeq generuje obrazová data, která jsou analyzována v nálsedujících pěti krocích:
kde CASAVA provádí algoritmicky kroky 3 – 5. Bcl conversion je konverze *.bcl souboru do surového formátu FASTQ. Zároveň při tomto kroku dochází k roztřídění jednotlivých vzorků dle daného indexu (barcode), které byly smíchány před zahajením samotného sekvenování. Squence alignment je proces zarovnání FASTQ souborů k referenčnímu genomu (je-li k dispozici) a v posledním kroku analýzy se vyhledávají Single Nucleotide Polymorfismus (SNPs) a indely.
Minimální systémové požadavky jsou:
Uživatelskou příručku si můžete stáhnout zde.