Software pro NGS

Pro zpracovaní a analýzu dat z Next Generation Sequencing je nezbytnou součástí výkonný počítač či soubor počítačů – tzv. výpočetních klastrů. Výběr vhodného programu závisí na typu bioinformatické analýzy, kterou chceme provádět a možnosti nastavení softwaru pro práci na více procesorech. V neposlední řadě je velmi důležitá vhodná volba operačního systému, na kterém budou všechny bioinformatické a statistické analýzy provedeny. Jednou z možností je klasická volba OS Windows od Microsoft, kde uživatel může využívat nejenom jednoduchosti, ale také grafického rozhraní bioinformatických programů – tzv. GUI (Graphical user interface). Velikou nevýhodou je samozřejmě vysoká cena. Další z možností je volba méně známých, ale z výpočetního a cenového hlediska výhodných OS typu Linux či Mac. Zde převládá veliká výhoda nejenom z hlediska ceny, ale také široké škály dostupnosti programů pro analýzu a zpracování dat z NGS. Bohužel OS Linux odrazuje většinu uživatelů z důvodu absence GUI a nutnosti umět ovládat příkazovou řádku a také základy programování.

Illumina využívá jak OS Windows na platformě MiSeq či OS Linux na přístrojích NexSeq500 a vlajkové lodi, sekvenátoru HiSeq. 

Související odkazy

MiniSeq - Illumina

Nejjednodušší stolní sekvenátor

MiSeq - Illumina

Sekvenování dostupnější než kdy jindy

MiSeq FGx - Illumina

První NGS systém pro forenzní genomiku

NextSeq 550 - Illumina

Kombinace skeneru čipů a vysokokapacitního sekvenátoru

Sekvenační kity - Illumina