Metoda Next Generation Sequencing (NGS) umožňuje sekvenovat úseky nukleových kyselin až celých genomů podstatně rychleji a cenově výhodněji než ostatní sekvenační metody. Podstatou je zpracovávání tisíců až miliard sekvencí současně v jednom běhu. Nejčastěji používanými metodami je amplikonové sekvenování a ‘enrichment’.

Stejně jako u Sangerovy metody i u amplikonového sekvenování se amplifikují cílové úseky pomocí PCR. Amplikonové sekvenování spočívá v tom, že na části DNA, které jsou sekvenovány, jsou navázány speciální forward a reverse primery, které vymezí sekvenovanou oblast. Tyto úseky DNA jsou poté amplifikovány a osekvenovány.

Amplikonové sekvenování využívá přesně navržených primerů pro konkrétní úseky DNA. Délka získaných sekvencí se pohybuje mezi 50-300 bp. U takto krátkých fragmentů se můžeme efektivně zaměřit na konkrétní změny v jednotlivých bazích genů nebo jejich úseků, které mohou být asociované s určitým onemocněním.

Typické použití této techniky je při sekvenování většího počtu vzorků při screeningu např. nádorových chorob. V klinickém prostředí je dále využíváno pro odhalování somatických mutací v komplexních vzorcích, tj. takových, které obsahují buňky s nádorovou i normální DNA (např. biopsie). V současné době je možné provádět sekvenování nejen ze vzorků biopsie, ale i ze vzorků plazmy, které obsahují cirkulující nádorovou DNA. Tato metoda je pro pacienta minimálně invazivní.

 AmpliSeq illumina panely