Long-Read Technologie - Illumina

Illumina Complete Long Read Prep Human

Společnost Illumina nedávno představila novou technologii nazvanou Illumina Complete Long Read Prep Human, která umožňuje sekvenování dlouhých fragmentů DNA až do délky 12 kb s vysokou přesností a kvalitou. Díky tomu lze získat podrobnější pohled na genomickou strukturu a identifikovat genetické mutace a varianty ve špatně čitelných oblastech genomu. Kit využívá ověřené technologie společnosti Illumina, je časově nenáročný a pro přípravu kvalitních knihoven stačí pouze malé množství vstupního materiálu.

Systémy NovaSeq 6000 a NovaSeq X se nyní stávají přístroji pro krátká i dlouhá čtení, což zvyšuje jejich flexibilitu a využitelnost. Pro přípravu knihovny nejsou žádné specifické požadavky na izolaci a extrakci vzorků. Požadované vstupní množství DNA je pouhých 50 ng. Celý proces sekvenování zjednodušuje a zrychluje také fakt, že samotnou přípravu knihovny lze zvládnout během jednoho pracovního dne.

Přednosti:

NovaSeq 6000 a NovaSeq X jsou nově přístroji pro krátká i dlouhá čtení

Kit bez specifických požadavků na izolaci a extrakci vzorků

Vstupní množství DNA je pouhých 50 ng

Příprava knihovny během 1 dne

Délka fragmentů do 12 kb

Technologie:

Illumina Complete Long Read Prep Human se liší od běžných postupů sekvenování tím, že se vyhýbá mechanické fragmentaci DNA a nahrazuje tento krok tagmentací dlouhého vlákna. To umožňuje nepřerušené dlouhé čtení vysoké kvality, které je důležité pro získání komplexních dat o genomu. Kombinovaná analýza s daty z krátkých čtení ještě více zvyšuje výslednou kvalitu sekvenování.

Illumina používá technologii dlouhých čtení pro analýzu problémových oblastí v lidském genomu, kde může být krátké čtení nepřesné. Přesnost genotypování u SNV (jednonukleotidové varianty) a Indel (Inzerce-Delece) je velmi vysoká u obou technologií. Pro SV (strukturální varianty) je však přesnost analýzy mnohem vyšší u technologie dlouhých čtení. Použití dlouhých čtení je tedy užitečné pro získání větší přesnosti a důvěryhodnosti výsledků v oblastech s vysokou variabilitou a komplexností genomu.