Automatizovaný protokol zahrnuje vytvoření individuálních emulzních kapiček obsahujících vždy jednu buňku společně s gelovou partikulí („Gel Beads“) a reagenciemi, tzv. „GEMs“, označení cílové molekuly mRNA během jejího přepisu do cDNA 10x barkódem a po provedení reverzní transkripce sloučení značených cDNA fragmentů do jedné reakce pro následnou přípravu finálních sekvenačních knihoven. Pipetovací robotická stanice umožňuje paralelní zpracování 1-8 vzorků během jednoho běhu a konstrukci konzistentních a reprodukovatelných sekvenačních knihoven z jedné buňky napříč experimenty a uživateli. Automatizovaný proces minimalizuje počet pipetovacích kroků protokolu a tím výrazně zkracuje dobu jeho přípravy na méně než 1 hodinu. Pracovní plocha automatického robota zahrnuje Chromium Controller sytém určený pro automatizaci („Chromium Automated Controller“), termocyklér pro provedení všech inkubační kroků v protokolu, magnetický stojánek pro zajištění purifikace a výběr vhodných velikostí fragmetů, speciální držáky pro 10x reagencie, čtečku 2D kódů sloužící ke skenování všech 10x reagencií a spotřebního materiálu a dotykový počítač se softwarem pro snadné ovládání.
10x Genomics kity určené pro automatizaci: |
|
ChromiumNext GEM Automated Single Cell Gene Expression |
|
|
1000141 |
|
1000147 |
|
1000136 |
|
1000146 |
|
1000213 |
www.10xgenomics.com/Chromium Connect