COVIDSeq test - Illumina

COVIDSeq test od společnosti Illumina byl navržen tak, aby umožňoval časově i finančně nenáročnou detekci a charakterizaci subtypů SARS-CoV-2. Tato data jsou nezbytná pro identifikaci nových subtypů, prevalenci všech subtypů v rámci dané populace, napomáhají zjistit cesty přenosu daného subtypu, a tím poskytnout data pro komplexní „surveillance“ studii. Sledování těchto nových subtypů je důležité také pro sledování adaptace viru a jeho mutační rychlosti, což je podkladem pro úspěšný průběh vakcinace.

Design testu je založen na validované verzi veřejně dostupného ARTIC multiplex PCR protokolu s 98 amplikony (ve 2 poolech) určenými k amplifikaci specifických virových sekvencí SARS-CoV-2. Součástí COVIDSeq protokolu je i 11 lidských mRNA, které slouží jako interní kontrola. Kombinace tohoto designu a osvědčené technologie Illumina nabízí dosažení maximálního pokrytí celého genomu a detekci i nových variant s vysokou přesností.

Vstupním materiálem protokolu je izolát RNA, která je následně přepsána do cDNA (kit obsahuje reagencie potřebné pro tento krok) v procesu reverzní transkripce, následuje PCR amplifikace s COVIDSeq primery, příprava knihoven s využitím BLT technologie. Připravené knihovny lze sekvenovat na všech platformách Illumina. Umožňuje značnou flexibilitu v počtu analyzovaných vzorků od 384 až po 3072 vzorků za přibližně 12 hodin.

Součástí řešení je i analýza dat z validovaných platforem prostřednictvím aplikace DRAGEN COVIDSeq Test (RUO), která poskytuje informaci o přítomnosti SARS-CoV-2 a generuje jeho sekvence ve formátu FASTA. V případě validovaných i nevalidovaných sekvenátorů je možné využití aplikace DRAGEN COVID Lineage, která reportuje pokrytí cílových oblastí, provádí detekci a generování sekvencí a prostřednictvím spolupracujících aplikací

Pangolin a NextClade nabízí přiřazení rodových linií pro zjištěné mutace a vytváření fylogenetických stromů.

Více informací naleznete na stránkách výrobce