Microbiota Solution A/B - Arrow Diagnostics

Microbiota solution A/B testy jsou určené pro kvalitativní hodnocení profilu lidské mikroflóry různých typů vzorků (kůže, sliny, vaginální prostředí, aj.) pomocí NGS technologie. Díky přímé izolaci bakteriální DNA bez nutnosti kultivace, testy umožňují identifikovat všechny bakteriální druhy přítomné ve vzorku bez zkreslení selektivním tlakem způsobeným kultivačními podmínkami v laboratoři.

Obě řešení jsou certifikovaná (CE-IVD) pro diagnostické využití a zahrnují reagencie pro přípravu 24 NGS knihoven z bakteriální genomové DNA a bioinformatické zpracování osekvenovaných dat. Připravené NGS knihovny reprezentují amplifikované hypervariabilní oblasti bakteriálního genu 16S rDNA pomocí degenerovaných primerů polymerázovou řetězovou reakcí (PCR).

16S oblasti umožňují identifikaci většiny populací bakterií přítomných ve vzorku. Microbiota solution A pokrývá V1-V2-V3 hypervariabilní regiony, které jsou relevantní u vzorků slin, hlenu a kůže. Microbiota solution B se zaměřuje na V3-V4-V6 hypervariabilní regiony, které jsou podstatné při analýzách urogenitálního a střevního mikrobiomu.  Připravené NGS knihovny se sekvenují pomocí sekvenátoru MiSeq (Illumina), přičemž v závislosti na počtu vzorků, lze zvolit kapacitně vhodný sekvenační kit (Tabulka 1). Sekvenační data se automaticky analyzují pomocí softwaru MicrobAT od společnosti SmartSeq, který umožňuje identifikovat bakteriální profily asociované s konkrétními patologiemi a také identifikovat nové bakteriální profily.

Tabulka 1:

Více informací naleznete na stránkách výrobce