•  
  • Řešení
  • Produkty
    Přístroje
    • TissueRuptor
    • PowerLyzer 24 Homogenizer
    • QIAscout
    • Příprava NGS knihoven
    • NGS sekvenátory
    • Microarrays
    • Automatické pipetovací systémy
    • Automatická extrakce NK
    • QIAamplifier
    • Rotor-Gene Q
    • QIAcuity Digital PCR System
    • Chromium Connect
    • Chromium iX/X
    • Xenium Analyzer
    • Visium CytAssist
    Reagencie
    • PCR reagencie
    • Real-Time PCR reagencie
    • Sekvenační kity
    • Kity pro přípravu NGS knihoven
    • Long-Read Technologie
    • Visium prostorová transkriptomika
    Software
    • Software pro NGS
    Respirátory
    • Repirátor N95
  • Diagnostika
    Izolace NK
    • Izolace NK, manuální
    • Izolace NK, automatická
    PCR
    • Rotor-Gene Q MDX, artus
    • Rotor-Gene Q MDX, ipsogen
    • Rotor-Gene Q MDX, Therascreen
    NGS
    • TruSight Kardiomyopatie panel
    • TruSight Inherited Disease panel
    • TruSight Myeloid
    • TruSight Tumor 15
    • TruSight Tumor 170
    • TruSight Oncology 500
    • Respiratory Virus Oligo Panel
    • LymphoTrack
    • Celoexomové sekvenování (WES)
    • Celogenomové sekvenování (WGS)
    • VeriSeq PGS kit
    • VeriSeq NIPT Solution v2
    • TruSight Oncology Comprehensive (CE-IVD)
    Ostatní metody
    • Antigenní testy na detekci COVID-19
    • 2019-nCOV IgG/IgM Rapid Test
    • Perinatální diagnostika
    • Imunohistochemie
    • RISH a FISH
  • Firmy
    10x GENOMICS
    Arrow Diagnostics
    Covaris
    Diagenode
    IAB
    Illumina
    Invivoscribe technologies
    LGC Biosearch Technologies
    QIAGEN
    Vitrolife
  • Kontakty
    Obecný kontakt GeneTiCA GeneTiCA
    Produktová podpora Produktová podpora
    Aplikační podpora Aplikační podpora
    Technická podpora Technická podpora
  •  
    Genetica.CZGenetica.SKGenetica.HU
  •  
  •  
https://www.genetica.cz +420 272 701 055 Služeb 4 Praha

JAK SOUBORY COOKIES FUNGUJÍ?

Při návštěvě webových stránek je velmi pravděpodobné, že stránka získá nebo uloží informace ve vašem prohlížeči a to ve formě souborů cookies. Nad soubory máte plnou kontrolu, ale jsou velmi důležité pro správné fungování webu. Mohou to být informace o vašich preferencích, zájmech o produkty, přizpůsobení prostředí a chování webu. V neposlední řadě obsahují data, která využíváme pro kontinuální zlepšování webu a našich služeb. Stále respektujeme vaše právo na soukromí, a proto se můžete rozhodnout, že se sběrem souborů cookies nebudete souhlasit.Nezapomínejte na to, že blokování některých souborů cookies můžete ovlivnit, jak stránka funguje a jaké služby jsou vám nabízeny.


Úvod > Produkty > Reagencie > Kity pro přípravu NGS knihoven > Nextera

Nextera - Illumina

Správná příprava knihovny je nezbytná pro vytvoření vysoce kvalitních sekvenačních dat. Efektivní protokol, který produkuje fragmenty DNA o vhodných vlastnostech a zároveň je široce využitelný, je nezbytný pro dosažení rovnoměrné distribuce čtení a minimalizaci neosekvenovaných úseků v získaných datech. Pracovní postup se skládá z řady po sobě jdoucích kroků, kdy každý vede k zvýšení celkové kvality sekvenovaných dat.

 

Technologie:

Pro přípravu knihovny se využívá speciální enzym, který štěpí DNA na fragmenty o vhodné délce pro sekvenování na přístrojích Illumina. Zároveň jsou konce fragmentů opatřeny oligonukleotidy, díky nimž se následně na každou stranu fragmentu váže jiný adapter s indexy. 

Dostupné kity:

Nextera XT DNA Sample Prep Kit

Nextera DNA Sample Prep Kit

Nextera Mate Pair Sample Prep Kit

Nextera Rapid Capture Exome and Expanded Exome Kits 

 

Nextera XT DNA Sample Preparation Kit

Nextera XT DNA Sample Preparation kit umožňuje přípravu knihoven pro sekvenaci na přístrojích Illumina. Hodí se zejména na přípravu knihoven malých genomů, amplikonů a plazmidů za méně než 90 minut a pouze 15 minutami ruční práce.

Technologie Nextera umožňuje v jednom kroku nafragmentovat DNA a opatřit fragmenty adapterovymi sekvencemi pomocí speciálně vyvinutého enzymu. Je možné sekvenovat i vzorky s nízkou počáteční koncentrací jako je 1 nanogram. Také je možné multiplexovat až 384 vzorků. Výhodou je i jednoduchá normalizace pomocí magnetických kuliček, díky které není potřeba další kvantifikace před smícháváním vzorků a samotným sekvenovaním.  

Dostupné kity

Název kitu

Katalogové číslo

Počet vzorků

Počet indexů

Nextera XT DNA Sample Preparation Kit

FC-131-1024

24

 

Nextera XT DNA Sample Preparation Kit

FC-131-1096

96

 

Nextera XT DNA Sample Preparation Index Kit

FC-131-1001

96

24

Nextera XT DNA Sample Preparation Index Kit

FC-131-1002

384

96

Nextera XT Index Kit v2, Set A

FC-131-2001

384

96

Nextera XT Index Kit v2, Set B

FC-131-2002

384

96

Nextera XT Index Kit v2, Set C

FC-131-2003

384

96

Nextera XT Index Kit v2, Set D

FC-131-2004

384

96

 

Dále potřeba objednat:

 

Agencourt AMPure XP 60 ml kit

Beckman Coulter

Genomics,

part # A63881

Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)

 

Nextera DNA Sample Prep Kit

Nextera  DNA Sample Preparation kit umožňuje přípravu knihoven pro sekvenaci na přístrojích Illumina. Hodí se zejména na přípravu knihoven velkých a komplexních genomů za méně než 90 minut a pouze 15 minutami ruční práce.

Technologie Nextera umožňuje v jednom kroku nafragmentovat DNA a opatřit fragmenty adapterovymi sekvencemi pomocí speciálně vyvinutého enzymu. Je možné sekvenovat i vzorky s nízkou počáteční koncentrací jako je 50 nanogram.  Je možné multiplexovat 96 vzorků. Výhodou je i jednoduchá normalizace pomocí magnetických kuliček, díky které není potřeba další kvantifikace před smícháváním vzorků a samotným sekvenovaním.  

 

Název kitu

Katalogové číslo

Počet vzorků

Počet indexů

Nextera DNA Sample Preparation Kit

FC-121-1030

24

 

Nextera DNA Sample Preparation Kit

FC-121-1031

96

 

Nextera DNA Sample Preparation Index Kit

FC-121-1011

96

24

Nextera DNA Sample Preparation Index Kit

FC-121-1012

384

96

 

Dále potřeba objednat:

Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)

 

Agencourt AMPure XP 60 ml kit

Beckman Coulter

Genomics,

part # A63881

Zymo™ Purification Kit

(ZR-96 DNA Clean & Concentrator™-5)

Catalog # D4023 or

D4024

Agilent čipy – pro DNA

 

Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit

Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit nabízí jedinou metodu pro připravení 12 kb mate pait knihoven bez použití gelu. Je to ideální postup pro de novo sekvenování, nalezení vhodných kontigů a detekci strukturálních variant. Knihovnu lze připravit z malého množství vstupní DNA a příprava trvá méně než dva dny. Lze si vybrat mezi gel free a gel plus protokolem. Kit spojuje technologie TruSeq a Nextera.

Nejdříve je genomová DNA nafragmentoaná pomocí speciálního Mate Pair Tagment enzymu. Zároveň jsou vzniklé fragmenty opatřeny biotynylovanými adaptery. Pomocí těchto adapterů se molekuly cirkularizují. Následuje mechanická fragmentace na menší fragmenty a pomocí streptavidinových kuliček jsou selektovány úseky s bitynylovanými adaptery, K fragmentům je přípojen adaptor s indexem nutný pro sekvenaci pomocí technologie TruSeq. 

 

 

Název kitu

Katalogové číslo

Počet vzorků

Počet indexů

Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit

FC-132-1001

Up to 48

12

 

Dále potřeba objednat:

Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)

 

Agencourt AMPure XP 60 ml kit

Beckman Coulter Genomics, part # A63881

Zymo Genomic DNA Clean & Concentrator™

Zymo Research, Cat # D4010 (25

preps) or D4011 (100 preps)

Dynabeads M-280 streptavidin magnetic beads

Invitrogen, part # 112-05D

Agilent čipy – pro DNA

 

 

Nextera Rapid Capture Exome and Expanded Exome Kits 

Nextera Rapid Capture Exome and Expanded Exome jsou kity umožňující jednoduše a efektivně osekvenovat exomy a identifikovat tak až 70% kódujících variant rychleji než jinými metodami a minimálními požadavky na množství vstupní DNA 50 ng.  Extended exome kit umoźňuje navíc sekvenovat i regulační oblasti (UTRs a miRNA). Srovnání obou kitů je uvedeno v tabulce níže.   

Genomová DNA je nejdříve pomocí enzymu nextera nafragmentována  a v dalším kroku opatřena adaptery s indexy. Ke vzorku jsou přidány biotynylované sondy specifické k vybraným exonům. Molekuly DNA s nahybridizovanou sondou jsou dále selektovány pomocí magnetických streptavidinových kuliček. Sekvenovat lze na všech přístrojích Illumina.

 

 

Nextera Rapid Capture Exome

Nextera Rapid Capture Epanded Exome

Počet exonů

214 405

201 121

Osekvenovaná oblast

Exony

Exony, UTRs, miRNA

Velikost sekvenovaných úseků

37 Mb

62 Mb

Pokrytí podle databází

 

 

Refseq

98,3 %

95,3 %

CCDS

98,6 %

96,0 %

ENSEMBL

97,8 %

90,6 %

GENCODE v12

98,1 %

91,6 %

 

 

Název kitu

Katalogové číslo

Počet vzorků

Rxn/plex

Nextera Rapid Capture Exome

FC-140-1000

8

8/1

Nextera Rapid Capture Exome

FC-140-1083

18

8/3

Nextera Rapid Capture Exome

FC-140-1086

48

8/6

Nextera Rapid Capture Exome

FC-140-1089

72

8/9

Nextera Rapid Capture Exome

FC-140-1001

24

2/12

Nextera Rapid Capture Exome

FC-140-1002

48

4/12

Nextera Rapid Capture Exome

FC-140-1003

96

8/12

Nextera Rapid Capture Expanded Exome

FC-140-1004

24

2/12

Nextera Rapid Capture Expanded Exome

FC-140-1005

48

4/12

Nextera Rapid Capture Expanded Exome

FC-140-1006

96

8/12

 

Dále potřeba objednat:

 

Agencourt AMPure XP 60 ml kit

Beckman Coulter

Genomics,

part # A63881

Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)

 

Agilent čipy – pro DNA

 

Nextera
Logo Illumina

Vyžádat informace o:

Nextera

Josef Fišer Obchodní ředitel Genetica s.r.o. +420 604 210 679 fiser@genetica-group.com Genetica s.r.o.


Kontaktní formulář

Údaje s hvězdičkou
jsou povinné
Copyright © 2023 GeneTiCA s.r.o. +420 272 701 055 | genetica@genetica.cz