Nextera - Illumina

Správná příprava knihovny je nezbytná pro vytvoření vysoce kvalitních sekvenačních dat. Efektivní protokol, který produkuje fragmenty DNA o vhodných vlastnostech a zároveň je široce využitelný, je nezbytný pro dosažení rovnoměrné distribuce čtení a minimalizaci neosekvenovaných úseků v získaných datech. Pracovní postup se skládá z řady po sobě jdoucích kroků, kdy každý vede k zvýšení celkové kvality sekvenovaných dat.

Technologie:

Pro přípravu knihovny se využívá speciální enzym, který štěpí DNA na fragmenty o vhodné délce pro sekvenování na přístrojích Illumina. Zároveň jsou konce fragmentů opatřeny oligonukleotidy, díky nimž se následně na každou stranu fragmentu váže jiný adapter s indexy.

Dostupné kity:

Nextera XT DNA Sample Prep Kit

Nextera DNA Sample Prep Kit

Nextera Mate Pair Sample Prep Kit

Nextera Rapid Capture Exome and Expanded Exome Kits

Nextera XT DNA Sample Preparation Kit

Nextera XT DNA Sample Preparation kit umožňuje přípravu knihoven pro sekvenaci na přístrojích Illumina. Hodí se zejména na přípravu knihoven malých genomů, amplikonů a plazmidů za méně než 90 minut a pouze 15 minutami ruční práce.

Technologie Nextera umožňuje v jednom kroku nafragmentovat DNA a opatřit fragmenty adapterovymi sekvencemi pomocí speciálně vyvinutého enzymu. Je možné sekvenovat i vzorky s nízkou počáteční koncentrací jako je 1 nanogram. Také je možné multiplexovat až 384 vzorků. Výhodou je i jednoduchá normalizace pomocí magnetických kuliček, díky které není potřeba další kvantifikace před smícháváním vzorků a samotným sekvenovaním.

Dostupné kity

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
Nextera XT DNA Sample Preparation Kit	FC-131-1024	24
Nextera XT DNA Sample Preparation Kit	FC-131-1096	96
Nextera XT DNA Sample Preparation Index Kit	FC-131-1001	96	24
Nextera XT DNA Sample Preparation Index Kit	FC-131-1002	384	96
Nextera XT Index Kit v2, Set A	FC-131-2001	384	96
Nextera XT Index Kit v2, Set B	FC-131-2002	384	96
Nextera XT Index Kit v2, Set C	FC-131-2003	384	96
Nextera XT Index Kit v2, Set D	FC-131-2004	384	96

Dále potřeba objednat:

Agencourt AMPure XP 60 ml kit

Beckman Coulter

Genomics,

part # A63881

Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)

Nextera DNA Sample Prep Kit

Nextera DNA Sample Preparation kit umožňuje přípravu knihoven pro sekvenaci na přístrojích Illumina. Hodí se zejména na přípravu knihoven velkých a komplexních genomů za méně než 90 minut a pouze 15 minutami ruční práce.

Technologie Nextera umožňuje v jednom kroku nafragmentovat DNA a opatřit fragmenty adapterovymi sekvencemi pomocí speciálně vyvinutého enzymu. Je možné sekvenovat i vzorky s nízkou počáteční koncentrací jako je 50 nanogram. Je možné multiplexovat 96 vzorků. Výhodou je i jednoduchá normalizace pomocí magnetických kuliček, díky které není potřeba další kvantifikace před smícháváním vzorků a samotným sekvenovaním.

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
Nextera DNA Sample Preparation Kit	FC-121-1030	24
Nextera DNA Sample Preparation Kit	FC-121-1031	96
Nextera DNA Sample Preparation Index Kit	FC-121-1011	96	24
Nextera DNA Sample Preparation Index Kit	FC-121-1012	384	96

Dále potřeba objednat:

Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)
Agencourt AMPure XP 60 ml kit	Beckman Coulter Genomics, part # A63881
Zymo™ Purification Kit (ZR-96 DNA Clean & Concentrator™-5)	Catalog # D4023 or D4024
Agilent čipy – pro DNA

Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit

Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit nabízí jedinou metodu pro připravení 12 kb mate pait knihoven bez použití gelu. Je to ideální postup pro de novo sekvenování, nalezení vhodných kontigů a detekci strukturálních variant. Knihovnu lze připravit z malého množství vstupní DNA a příprava trvá méně než dva dny. Lze si vybrat mezi gel free a gel plus protokolem. Kit spojuje technologie TruSeq a Nextera.

Nejdříve je genomová DNA nafragmentoaná pomocí speciálního Mate Pair Tagment enzymu. Zároveň jsou vzniklé fragmenty opatřeny biotynylovanými adaptery. Pomocí těchto adapterů se molekuly cirkularizují. Následuje mechanická fragmentace na menší fragmenty a pomocí streptavidinových kuliček jsou selektovány úseky s bitynylovanými adaptery, K fragmentům je přípojen adaptor s indexem nutný pro sekvenaci pomocí technologie TruSeq.

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit	FC-132-1001	Up to 48	12

Dále potřeba objednat:

Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)
Agencourt AMPure XP 60 ml kit	Beckman Coulter Genomics, part # A63881
Zymo Genomic DNA Clean & Concentrator™	Zymo Research, Cat # D4010 (25 preps) or D4011 (100 preps)
Dynabeads M-280 streptavidin magnetic beads	Invitrogen, part # 112-05D
Agilent čipy – pro DNA

Nextera Rapid Capture Exome and Expanded Exome Kits

Nextera Rapid Capture Exome and Expanded Exome jsou kity umožňující jednoduše a efektivně osekvenovat exomy a identifikovat tak až 70% kódujících variant rychleji než jinými metodami a minimálními požadavky na množství vstupní DNA 50 ng. Extended exome kit umoźňuje navíc sekvenovat i regulační oblasti (UTRs a miRNA). Srovnání obou kitů je uvedeno v tabulce níže.

Genomová DNA je nejdříve pomocí enzymu nextera nafragmentována a v dalším kroku opatřena adaptery s indexy. Ke vzorku jsou přidány biotynylované sondy specifické k vybraným exonům. Molekuly DNA s nahybridizovanou sondou jsou dále selektovány pomocí magnetických streptavidinových kuliček. Sekvenovat lze na všech přístrojích Illumina.

	Nextera Rapid Capture Exome	Nextera Rapid Capture Epanded Exome
Počet exonů	214 405	201 121
Osekvenovaná oblast	Exony	Exony, UTRs, miRNA
Velikost sekvenovaných úseků	37 Mb	62 Mb
Pokrytí podle databází
Refseq	98,3 %	95,3 %
CCDS	98,6 %	96,0 %
ENSEMBL	97,8 %	90,6 %
GENCODE v12	98,1 %	91,6 %

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Rxn/plex
Nextera Rapid Capture Exome	FC-140-1000	8	8/1
Nextera Rapid Capture Exome	FC-140-1083	18	8/3
Nextera Rapid Capture Exome	FC-140-1086	48	8/6
Nextera Rapid Capture Exome	FC-140-1089	72	8/9
Nextera Rapid Capture Exome	FC-140-1001	24	2/12
Nextera Rapid Capture Exome	FC-140-1002	48	4/12
Nextera Rapid Capture Exome	FC-140-1003	96	8/12
Nextera Rapid Capture Expanded Exome	FC-140-1004	24	2/12
Nextera Rapid Capture Expanded Exome	FC-140-1005	48	4/12
Nextera Rapid Capture Expanded Exome	FC-140-1006	96	8/12

Dále potřeba objednat:

Agencourt AMPure XP 60 ml kit

Beckman Coulter

Genomics,

part # A63881

Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)

Agilent čipy – pro DNA

Nextera - Illumina

Nextera XT DNA Sample Preparation Kit

Nextera DNA Sample Prep Kit

Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit

Nextera Rapid Capture Exome and Expanded Exome Kits

Vyžádat informace o:

Nextera

Kontaktní formulář