Příprava NGS knihoven - Illumina

Metoda Next Generation Sequencing (NGS) umožňuje sekvenovat úseky nukleových kyselin až celých genomů podstatně rychleji a cenově výhodněji než ostatní sekvenační metody. Podstatou je zpracovávání tisíců až miliard sekvencí současně v jednom běhu. Nejčastěji používanými metodami je amplikonové sekvenování a ‘enrichment’.

Princip selektivního sekvenování požadovaných oblastí:

Pro zachycení požadovaných genomických oblastí pomocí metody "target enrichment" se vyzužívá specifická skupina syntetizovaných oligonukleotidů - tzv. sond, které jsou hybridizovány na fragmentovaný vzorek genomické DNA. Sondy (značené kuličkami) selektivně hybridizují k požadovaným genomickým oblastem. Poté jsou kuličky, nyní včetně požadovaných fragmentů DNA, zachyceny pomocí magnetu a zbytek nepotřebného materiálu je odstaněn promytím. Kuličky jsou poté odstraněny  a genomické fragmenty mohou být sekvenovány.

Více informací na stránkách výrobce:

https://www.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/nextera-flex-enrichment.html

https://www.illumina.com/search.html?q=Illumina%20DNA%20Prep%20with%20Enrichment%20%20Fast,%20flexible%20targeted%20resequencing&filter=all&p=1

Související odkazy