Respiratory Virus Oligo Panel V2 - Illumina

Zájem o určení subtypů SARS-CoV-2 neustále roste, a proto i společnost Illumina nabízí různé druhy řešení. Jedním z nich je využití Respiratory Virus Oligo panelu v kombinaci s enrichmentovým přístupem založeným na Illuminu RNA Library Prep with Enrichment, což umožňuje výzkumníkům získat sekvenační data a tím zjistit subtypy nejen SARS-CoV-2, ale i potenciálních přidružených koinfekcí ze skupiny respiračních virů. Na základě těchto dat lze určit zdroj infekce či cesty přenosu.

Na základě cílené „enrichment“ technologie umožňuje vysoce citlivou detekci virů, která nevyžaduje vysokou hloubku čtení a slouží k různým analýzám evoluce a přežívání viru. Klíčovým prvkem protokolu jsou panely s probami, které komplexně profilují cílové oblasti nevyjímaje vysoce mutagenní oblasti.

Vstupním materiálem protokolu je izolát RNA, který je v prvním kroku přípravy knihovny přepisován do cDNA, následně probíhají kroky tagmentace a „enrichmentu“. Samotné sekvenování je možné na všech dostupných platformách Illumina. Součástí řešení je i analýza dat. K přípravě knihovny z extrahované RNA se využívá Illumina RNA Prep kit with Enrichment, který funguje na principu „Bead-linked“ tagmentace. To znamená, že magnetické kuličky nesoucí na svém povrchu enzymy štěpí fragmenty a zároveň k nim napájejí potřebné adaptéry. Pro zacílení na požadované oblasti následuje „enrichment“ krok využitím Illumina Respiratory Virus Oligo panelu V2. Po osekvenování knihovny využitím Illumina sekvenátoru následuje zpracování dat využitím aplikace DRAGEN pro detekci patogenů a platformy IDbyDNA Explify.

Library preparation Enrichment

Základní specifikace k Illumina Respiratory Virus Oligo panelu:

obsahuje 7 800 prob pro nejčastější respirační viry

obsahuje proby pro lidskou mRNA – pozitivní kontrola

umožňuje charakterizovat až 40 respiračních virů, včetně SARS-CoV-2

možnost kombinovat až 384 vzorků v rámci 1 experimentu

flexibilní množství vstupního materiálu: 10 - 100 ng

Přehled virů analyzovaných pomocí Illumina Respiratory Virus Oligo panelu:

Human coronavirus 229E

Human metapneumovirus (CAN97-83)

Human coronavirus NL63

Human bocavirus 4 NI strain HBoV4-NI-385

Human coronavirus OC43

KI polyomavirus Stockholm 60

Human coronavirus HKU1

WU Polyomavirus

SARS-CoV-2

Human parechovirus type 1 PicoBank/HPeV1/a

Human adenovirus B1

Human parechovirus 6

Human adenovirus C2

Human rhinovirus A89

Human adenovirus E4

Human rhinovirus C (strain 024)

Human bocavirus 1 (Primate bocaparvovirus 1 isolate st2)

Human rhinovirus B14

Human bocavirus 2c PK isolate PK-5510

Human enterovirus C104 strain: AK11

Human bocavirus 3

Human enterovirus C109 isolate NICA08-4327

Human parainfluenza virus 1

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

Human parainfluenza virus 2

Influenza A virus (A/Hong Kong/1073/99(H9N2))

Human parainfluenza virus 3

Influenza A virus (A/Texas/50/2012(H3N2))

Human parainfluenza virus 4a

Influenza A virus (A/Michigan/45/2015(H1N1))

Respiratory syncytial virus (type A)

Influenza B virus (B/Lee/1940)

Human Respiratory syncytial virus 9320 (type B)

Influenza B virus (B/Wisconsin/01/2010)

Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))

Influenza B virus (B/Brisbane/60/2008)

Influenza A virus (A/Korea/426/1968(H2N2))

Influenza B virus (B/Colorado/06/2017)

Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2))

Influenza B virus (B/Washington/02/2019)

Influenza A virus (A/goose/Guangdong/1/1996(H5N1))

Human control genes

Více informací naleznete na stránkách výrobce

Respiratory Virus Oligo Panel V2 - Illumina

Vyžádat informace o:

Respiratory Virus Oligo Panel V2