TruSeq - Illumina

Dostupné kity:

TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit

TruSeq DNA PCR-Free Sample Prep Kit

TruSeq DNA Sample Prep Kit 

TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep Kits

 

TruSeq RNA Sample Prep Kit v2 

TruSeq Stranded mRNA HT Sample Prep Kit

TruSeq Stranded Total RNA LT Sample Prep Kit

TruSeq Small RNA Sample Prep Kit

TruSeq RNA Access Library Prep kit

 

TruSeq DNA PCR-Free Sample Preparation Kit

 

TruSeq DNA PCR-Free Sample Preparation Kit poskytuje jednoduchou přípravu knihoven určených k celogenomovému sekvenování. Lze sekvenovat široké rozpětí různých organismů, od malých genomů jako jsou bakterie až po celé lidské genomy. TruSeq DNA PCR –Free kit umožňuje sekvenovat s vysokým pokrytím i oblasti, které jsou obvykle těžce sekvenovatelné, jako jsou například oblasti bohaté na GC páry, promotory a repetitivní sekvence.  Použitím kitu TruSeq DNA PCR-Free se také sníží výskyt chyb způsobených PCR reakcí a oblastí s nízkou prosekvenovaností.  Kvalita dat je vyšší než za použití jiných kitů, proto umožňuje detekovat větší množství variant.

Kity pro přípravu knihovny je možné kombinovat se sekvenačními kity všech dostupných sekvenačních systémů Illumina a umožňuje sekvenovat různě dlouhá čtení.

Dostupné kity

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit - Set A	FC-121-3001	24	12
TruSeq DNA PCR-Free LT Sample Prep Kit - Set B	FC-121-3002	24	12
TruSeq DNA PCR-Free HT Sample Prep Kit	FC-121-3003	96	96

 

Dále potřeba objednat:

 

KAPA Library Quantification Kit - Illumina/Universal	KAPA Biosystems, part #KK4824
Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)

 

TruSeq Nano DNA Sample Preparation Kit

 

TruSeq Nano DNA Sample Preparation Kit umožňuje efektivní přípravu knihovny i se vzorky s nízkým množstvím vstupní DNA. Pomocí kitu lze připravit knihovny, které po osekvenování mají vysoké pokrytí a jsou vhodné pro široké spektrum aplikací. Využitím TruSeq Nano DNA protokolu získáte kvalitní výsledky i s tak malým množstvím vstupní DNA, jako je 100 ng. Je umožněno tedy studovat i takové vzorky, jako jsou např. vzorky tumoru a zbytek vzorku lze využít i na další potřebné analýzy. Pro usnadnění a urychlení protokolu je také místo selekce správně dlouhých fragmentů pomocí gelové extrakce požívána selekce za pomocí magnetických kuliček, čímž se vyhne i ztrátám DNA způsobených gelovou extrakcí.

Jednoduchý pracovní postup snižuje výskyt chyb vznikajících při přípravě knihovny a zlepšuje pokrytí celého sekvenovaného genomu. Kit umožnuje úspěšně sekvenovat i oblasti obvykle hůře sekvenovatelné včetně oblastí bohatých na GC páry, promotory a repetitivně oblasti. To umožnuje získat z každého běhu více informací.  Protokol vyžaduje minimum ruční práce. Kity jsou kompatibilní se všemi sekvenačními systémy Illumina.

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
TruSeq Nano DNA LT Sample Prep Kit - Set A	FC-121-4001	24	12
TruSeq Nano DNA LT Sample Prep Kit - Set B	FC-121-4002	24	12
TruSeq Nano DNA HT Sample Prep Kit	FC-121-4003	96	96

 

Dále potřeba objednat:

 

KAPA Library Quantification Kit - Illumina/Universal	KAPA Biosystems, part #KK4824
Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)

 

 

TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Preparation Kit

 

TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Preparation Kit poskytuje kompletní pracovní postup, jehož výstupy mohou být použity pro seskládávání genomů (genome finishing)a umožňuje určování haplotypů (genome phasing). V base space je možné zvolit si mezi dvěma druhy analýzy sekvenovaných dat:

• Skládání syntetických dlouhých čtení pro de novo skládání a vytváření referenční sekvence (TruSeq Long-Read Assembly App)
• Určování haplotypů pro identifikaci zděděných alel (co – inherited) a informací a haplotypech stejně jako určení de novo mutací (Phasing analysis app)

Kit je designován pro přípravu DNA knihoven vytvářející syntetická dlouhá čtení. Příprava knihovny kombinuje TruSeq a Nextera přístupy s technologií syntetických dlouhých čtení. Příslušný kit s indexy obsahuje 384 indexů pro označení vzorků v každé jamce. Tyto indexy jsou následně po sekvenaci využity k rekonstrukci syntetických dlouhých fragmentů a sestavování dlouhých readů. 

 

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků
TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep Kit	FC-126-1001	4
TruSeq Synthetic Long-Read DNA Barcode	FC-126-1002	1
TruSeq Synthetic Long-Read DNA Barcode Kit	FC-126-1003	4
TruSeq Synthetic Long-Read DNA Accessory Kit	FC-126-1004	N/A

 

Dále potřeba objednat:

 

KAPA Library Quantification Kit - Illumina/Universal	KAPA Biosystems, part #KK4824
Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)
Agilent High Sensitivity DNA Kit	Agilent, part # 5067-4626
Zymo-Spin V with Reservoir	Zymo Research, part # C1016-25 or C1016-50
SYBR Green Nucleic Acid Gel Stain	Invitrogen, part # S7585
QIAquick Gel Extraction Kit	QIAGEN, part # 28704
g-TUBE	Covaris, part # 520079
E-Gel EX 1%	Invitrogen, catalog # G4020-01
E-Gel CloneWell 0.8% SYBR Safe gels	Invitrogen, catalog # G6618-08

 

TruSeq RNA Sample Prep Kit v2 

 

TruSeq RNA Sample Prep Kit v2 poskytuje jednoduché, cenově výhodné řešení pro přípravu mRNA knihovem z celkové RNA. Předmíchané mixy reagencií usnadňují přípravu knihoven a snižují počet pipetovacích kroků, čímž se i minimalizuje čas potřebný pro přípravu knihovny.  V prvním kroku jsou izolovány mRNA molekuly s poly A konci užitím magnetických kuliček s připojenými oligo-dT. Po purifikaci je mRNA fragmentována na správné délky pomocí vysoké teploty. Fragmenty jsou následně přepsány do prvního řetězce cDNA za použití reverzní transkriptázy a náhodných primerů. Syntéza druhého řetězce probíhá pomocí DNA polymerázy I a RNázy H. Následuje postup společný pro Truseq knihovny.

 

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
TruSeq RNA Sample Prep Kit v2 - Set A (48rxn)	RS-121-2001	48	12
TruSeq RNA Sample Prep Kit v2 - Set B (48rxn)	RS-121-2002	48	12

 

Dále potřeba objednat:

 

KAPA Library Quantification Kit - Illumina/Universal	KAPA Biosystems, part #KK4824
Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)
Agencourt AMPure XP 60 ml kit	Beckman Coulter Genomics, part # A63881
SuperScript II Reverse Transcriptase	Invitrogen, part # 18064-014
Ahilent čipy – pro RNA i DNA

 

TruSeq Stranded mRNA HT Sample Preparation Kit

 

The TruSeq Stranded mRNA Sample Preparation Kit poskytuje navzdory jednoduché přípravě knihovny a cenové výhodnosti nejkomplexnější pohled na transkriptom. Známá orientace řetězců mRNA umožnuje detekci antisense transkriptomů a tím se zvyšuje i počet anotovaných transkriptů. Vyrovnaná prosekvenovanost vzorků umožňuje objevení i alternativních transkriptů, genových fůzí a alel- specifických expresí.

V prvním kroku jsou izolovány mRNA molekuly s poly A konci užitím magnetických kuliček s připojenými oligo-dT. Po purifikaci je mRNA fragmentována na správné délky pomocí vysoké teploty. Fragmenty jsou následně přepsány do prvního řetězce cDNA za použití reverzní transkriptázy a náhodných primerů. Aby byla zajištěna informace o orientaci řetězce, je při syntéze druhého řetězce  dTTP nahrazeno dUTP, což zajistí, aby nebyl tento řetězec během konečné PCR reakce amplifikován. Syntéza druhého řetězce probíhá pomocí DNA polymerázy I a RNázy H. Následuje postup společný pro Truseq knihovny.

 

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit - Set A	RS-122-2101	48	12
TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit - Set B	RS-122-2102	48	12
TruSeq Stranded mRNA HT Sample Prep Kit	RS-122-2103	96	96

 

Dále potřeba objednat:

 

KAPA Library Quantification Kit - Illumina/Universal	KAPA Biosystems, part #KK4824
Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)
Agencourt AMPure XP 60 ml kit	Beckman Coulter Genomics, part # A63881
SuperScript II Reverse Transcriptase	Invitrogen, part # 18064-014
Agilent čipy – pro RNA i DNA

 

TruSeq Stranded Total RNA Sample Preparation Kit

 

TruSeq Stranded Total RNA Sample Preparation Kit poskytuje navzdory jednoduché přípravě knihovny a cenové výhodnosti nejkomplexnější pohled na analýzu celkové RNA. Orientace řetězců mRNA umožnuje detekci antisense transkriptomů a tím se zvyšuje i počet anotovaných transkriptů. Kit je kompatibilní se širokou škálou vzorků, včetně vzorků s nízkou kvalitou a FFPE vzorků. Tento kit spojuje výhody přípravy knihoven RNA technologií TruSeq a technologií RiboZero umožňující odstraňování rRNA. Je tak měřena nejenom mRNA, ale také malé a nekódující RNA. Vysoká a vyrovnaná prosekvenovanost vzorků umožňuje objevení i alternativních transkriptů, genových fůzí a alel- specifických expresí. Technologie RiboZero umožňuje odstranění rRNA (cytoplazmatických, mitochondriálních i chloroplastových)ze vzorků celé řady organismů, jak zvířat, tak rostlin.   

V prvním kroku je odstraněna rRNA použitím biotynylovaných, specifických oligonukleotidů v kombinaci s RiboZero rRNA odstraňujících magnetických kuliček. Po purifikaci je celková RNA fragmentována na správné délky pomocí vysoké teploty. Fragmenty jsou následně přepsány do prvního řetězce cDNA za použití reverzní transkriptázy a náhodných primerů. Aby byla zajištěna informace o orientaci řetězce, je při syntéze druhého řetězce dTTP nahrazeno dUTP, což zajistí, aby nebyl tento řetězec během konečné PCR reakce amplifikován. Syntéza druhého řetězce probíhá pomocí DNA polymerázy I a RNázy H. Následuje postup společný pro Truseq knihovny.

 

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
TruSeq Stranded Total RNA LT Sample Prep Kit - Set A (with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat)	RS-122-2201	48	12
TruSeq Stranded Total RNA LT Sample Prep Kit - Set B (with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat)	RS-122-2202	48	12
TruSeq Stranded Total RNA HT Sample Prep Kit (with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat)	RS-122-2203	96	96
TruSeq Stranded Total RNA LT Sample Prep Kit - Set A (with Ribo-Zero Gold)	RS-122-2301	48	12
TruSeq Stranded Total RNA LT Sample Prep Kit - Set B (with Ribo-Zero Gold	RS-122-2302	48	12
TruSeq Stranded Total RNA HT Sample Prep Kit (with Ribo-Zero Gold)	RS-122-2303	96	96
TruSeq Stranded Total RNA LT Sample Prep Kit - Set A (with Ribo-Zero Plant)	RS-122-2401	48	12
TruSeq Stranded Total RNA LT Sample Prep Kit - Set B (with Ribo-Zero Plant)	RS-122-2402	48	12
TruSeq Stranded Total RNA HT Sample Prep Kit (with Ribo-Zero Plant)	RS-122-2403	96	96
TruSeq Stranded Total RNA LT Sample Prep Kit - Set A (with Ribo-Zero Globin)	RS-122-2401	48	12
TruSeq Stranded Total RNA LT Sample Prep Kit - Set B (with Ribo-Zero Globin)	RS-122-2402	48	12
TruSeq Stranded Total RNA HT Sample Prep Kit (with Ribo-Zero Globin)	RS-122-2403	96	96

 

Dále potřeba objednat:

 

KAPA Library Quantification Kit - Illumina/Universal	KAPA Biosystems, part #KK4824
Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)
Agencourt AMPure XP 60 ml kit	Beckman Coulter Genomics, part # A63881
Agencourt RNAClean XP 40 ml kit	Beckman Coulter Genomics, part # A63987
SuperScript II Reverse Transcriptase	Invitrogen, part # 18064-014
Agilent čipy – pro RNA i DNA

 

TruSeq Small RNA Sample Preparation Kit

 

TruSeq Small RNA Sample Prep Kit umožňuje snadnou a rychlou přípravu knihovny malých RNA přímo z celkové RNA. MicroRNA jsou pomocí modifikovaných adapterů účinně selektované. Využívá se přirozené vlastnosti miRNA mající 5´fosfát a 3´hydroxylovou skupinu. Proto se adaptory z tohoto kitu přímo váží specificky na miRNA.  Následuje RT reakce vytvářející první řetězec cDNA. Tato cDNA je následně amplifikována za použití běžného primeru a primeru obsahujícího 1 z 48 indexačních sekvencí.

 

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
TruSeq Small RNA Sample Prep Kit (indexes 1 -12)	RS-200-0012	24	12
TruSeq Small RNA Sample Prep Kit (indexes 13 -24)	RS-200-0024	24	12
TruSeq Small RNA Sample Prep Kit (indexes 25 -36)	RS-200-0036	24	12
TruSeq Small RNA Sample Prep Kit (indexes 37 -48)	RS-200-0048	24	12

 

Dále potřeba objednat:

 

KAPA Library Quantification Kit - Illumina/Universal	KAPA Biosystems, part #KK4824
Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)
SuperScript II Reverse Transcriptase	Invitrogen, part # 18064-014
Agilent čipy – pro RNA i DNA
6% Novex TBE PAGE gel, 1.0 mm, 10 well	Invitrogen, part # EC6265BOX
5X Novex TBE buffer	Invitrogen, part # LC6675
T4 RNA Ligase 2, Deletion Mutant 2,000 (for up to 10 libraries) or 10,000 units (for up to 50 libraries)	Epicentre, catalog # LR2D1132K or LR2D11310K

 

TruSeq RNA Access Library Prep kit

 

TruSeq RNA Access library prep kit umožnuje snadno a efektivně připravit knihovnu lidských kódujících sekvencí i z RNA izolované z FFPE vzorků. Pro přípravu knihovny je zapotřebí pouze malé množství vstupní RNA, 10 ng pro vzorky s vysokou kvalitou RNA a 20 ng pro vzorky degradované RNA.

V prvním kroku RNA fragmentována na správné délky pomocí vysoké teploty. Fragmenty jsou následně přepsány do prvního řetězce cDNA za použití reverzní transkriptázy a náhodných primerů. Aby byla zajištěna informace o orientaci řetězce, je při syntéze druhého řetězce  dTTP nahrazeno dUTP, což zajistí aby nebyl tento řetězec během konečné PCR reakce amplifikován. Syntéza druhého řetězce probíhá pomocí DNA polymerázy I a RNázy H. Následuje připojení adapterů s indexy.

Ke vzorku jsou přidány biotynylované sondy specifické k vybraným úsekům. Molekuly cDNA s nahybridizovanou sondou jsou dále selektovány pomocí magnetických streptavidinových kuliček. Sekvenovat lze na všech přístrojích Illumina.

 

Název kitu	Katalogové číslo	Počet vzorků	Počet indexů
TruSeq RNA Acces Library Prep Kit - Set A	RS-301-2001	48	12
TruSeq RNA Acces Library Prep Kit - Set	RS-301-2002	48	12

 

Dále potřeba objednat:

 

KAPA Library Quantification Kit - Illumina/Universal	KAPA Biosystems, part #KK4824
Potřebný systém pro meření koncentrace DNA flurometricky (Qubit, PicoGreen)
SuperScript II Reverse Transcriptase	Invitrogen, part # 18064-014
Agilent čipy – pro RNA i DNA

 

 

Související odkazy