Kit umožnuje detekovat 94 genů a 284 SNPs které jsou spojeny s predispozicí k rakovině.
TruSight Cancer panel zahrnuje geny související jak s běžnými druhy rakoviny (např. prsu, tlustého střeva) tak i se vzácnými druhy.
Kit je určen pro MiSeq, NextSeq a HiSeq.
Byl vyvinut ve spolupráci s profesorem Nazneen Rahman a jeho týmu z Institute of Cancer Research (ICR), London.
www.illumina.com/TruSight-Cancer
AIP |
EPCAM |
KIT |
RET |
ALK |
ERCC2 |
MAX |
RHBDF2 |
APC |
ERCC3 |
MEN1 |
RUNX1 |
ATM |
ERCC4 |
MET |
SBDS |
BAP1 |
ERCC5 |
MLH1 |
SDHAF2 |
BLM |
EXT1 |
MSH2 |
SDHB |
BMPR1A |
EXT2 |
MSH6 |
SDHC |
BRCA1 |
EZH2 |
MUTYH |
SDHD |
BRCA2 |
FANCA |
NBN |
SLX4 |
BRIP1 |
FANCB |
NF1 |
SMAD4 |
BUB1B |
FANCC |
NF2 |
SMARCB1 |
CDC73 |
FANCD2 |
NSD1 |
STK11 |
CDH1 |
FANCE |
PALB2 |
SUFU |
CDK4 |
FANCF |
PHOX2B |
TMEM127 |
CDKN1C |
FANCG |
PMS1 |
TP53 |
CDKN2A |
FANCI |
PMS2 |
TSC1 |
CEBPA |
FANCL |
PRF1 |
TSC2 |
CEP57 |
FANCM |
PRKAR1A |
VHL |
CHEK2 |
FH |
PTCH1 |
WRN |
CYLD |
FLCN |
PTEN |
WT1 |
DDB2 |
GATA2 |
RAD51C |
XPA |
DICER1 |
GPC3 |
RAD51D |
XPC |
DIS3L2 |
HNF1A |
RB1 |
|
EGFR |
HRAS |
RECQL4 |
|
Velikost cílové oblasti celkem |
255 Kb |
Celkem cílových genů |
94 |
Celkem cílových exonů |
1 700 |
Velikost prób |
80-mer |
Počet prób |
4 000 |
Doporučená průměrná coverage |
100x |
Minimální coverage |
20x |
Procento pokrytých exonů |
≥95 % |