TruSight Oncology 500 kit – Illumina
TruSight Oncology 500 je NGS panel, který umožňuje komplexní genomické profilování nádorů. Analyzuje DNA a RNA nádoru s cílem identifikovat klinicky významné genomové změny u širokého spektra nádorových onemocnění a přináší poznatky, které pomohou při rozhodování o nejvhodnější léčbě. Spolehlivě detekuje substituce bází, inzerce a delece, alterace počtu kopií, genové fúze a sestřihové varianty. Zároveň stanovuje nádorovou mutační nálož (TMB) a mikrosatelitovou nestabilitu (MSI), což jsou významné imunoterapeutické biomarkery.
Jediný test nahradí několik panelů pro jednotlivé biomarkery
Efektivní postup od vzorku až po výsledný report
Poskytuje vysoce spolehlivé výsledky
Komplexní genomické profilování nádorů přímo ve vaší laboratoři
TruSight Oncology 500 | TruSight Oncology 500 High-Throughput | TruSight Oncology 500 ctDNA |
Analýza DNA a RNA izolované z FFPE vzorků nádorové tkáně. | Analýza DNA a RNA izolované z FFPE vzorků nádorové tkáně. Umožňuje analýzu až 192 vzorků v jednom běhu. |
Analýza volné cirkulující nádorové DNA izolované nejčastěji z krevní plazmy. |
Gene Count | 523 genes for DNA, 55 genes for RNA |
Content Specifications | Targeted selection of DNA from 523 genes of interest, and RNA from 55 genes, for a total of 1.94Mb panel size. • Guideline Coverage: Broad coverage of key guidelines for multiple solid tumor types • Clinical Trials Coverage: Over 1,000 clinical trials • Immuno-oncology Biomarker Coverage: Biomarkers TMB and MSI included; also inclusive of HLA regions, POLE1 and POLD1*. |
Sample Throughput | 8 samples per run |
Hands-On Time | ~10.5 hours |
Input Quantity | 40 ng DNA, 40 ng RNA |
Mechanism of Action | Target Enrichment Workflow |
Multiplexing | Up to 8-plex |
Analytical Specificity | 99.9998% (for SNV detection) |
Analytical Sensitivity | > 96% |
Variant Class | Copy Number Variants (CNVs), Gene Fusions, Insertions-Deletions (indels), Single Nucleotide Variants (SNVs), Transcript Variants |
Method | Target Enrichment, Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing, Targeted RNA Sequencing |
Cancer Type | Pan-Cancer |
Species Category | Human |
System Compatibility | NextSeq 500, NextSeq 550, NextSeq 550Dx in Research Mode |
Nucleic Acid Type | DNA, RNA |
Technology | Sequencing |
Automation Capability | Liquid Handling Robots |
* Na základě databáze PierianDx k březnu 2020.
Analýza DNA | Analýza DNA + RNA | |
---|---|---|
Kit na přípravu knihovny a enrichement | TruSight Oncology 500 DNA Kit (48 vzorků) |
TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle (16 indexů, 24 vzorků) |
Kit na přípravu knihovny a enrichement + sekvenační kit pro NextSeq |
TruSight Oncology 500 DNA Kit for use with NextSeq (48 vzorků) |
TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle for use with NextSeq (16 indexů, 24 vzorků) |
Kit na přípravu knihovny a enrichement + interpretace dat pomocí PierianDx |
TruSight Oncology 500 DNA Kit plus PierianDx interpretation report (16 indexů, 48 vzorků) |
TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle plus PierianDx interpretation report (16 indexů, 24 vzorků) |
Kit na přípravu knihovny a enrichement + sekvenační kit pro NextSeq + interpretace dat pomocí PierianDx |
TruSight Oncology 500 DNA Kit for use with NextSeq plus PierianDx interpretation report (16 indexů, 48 vzorků) |
TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle for use with NextSeq plus PierianDx interpretation report (16 indexů, 24 vzorků) |
Analýza DNA | Analýza DNA + RNA | |
---|---|---|
Kit na přípravu knihovny a enrichement | TruSight Oncology 500 DNA Automation Kit (48 vzorků) |
TruSight Oncology 500 DNA/RNA Automation Kit (16 indexů, 24 vzorků) |
Kit na přípravu knihovny a enrichement + sekvenační kit pro NextSeq |
TruSight Oncology 500 DNA Automation Kit for use with NextSeq (48 vzorků) |
TruSight Oncology 500 DNA/RNA Automation Kit for use with NextSeq (16 indexů, 24 vzorků) |
Kit na přípravu knihovny a enrichement + interpretace dat pomocí PierianDx |
TruSight Oncology 500 DNA Automation Kit plus PierianDx interpretation report (16 indexů, 48 vzorků) |
TruSight Oncology 500 DNA/RNA Automation Kit plus PierianDx interpretation report (16 indexů, 24 vzorků) |
Kit na přípravu knihovny a enrichement + sekvenační kit pro NextSeq + interpretace dat pomocí PierianDx |
TruSight Oncology 500 DNA Automation Kit for use with NextSeq plus PierianDx interpretation report (16 indexů, 48 vzorků) |
TruSight Oncology 500 DNA/RNA Automation Kit for use with NextSeq plus PierianDx interpretation report (16 indexů, 24 vzorků) |
Gene Count | 523 genes for DNA, 55 genes for RNA |
Content Specifications | Targeted selection of DNA from 523 genes of interest, and RNA from 55 genes, for a total of 1.94Mb panel size. • Guideline Coverage: Broad coverage of key guidelines for multiple solid tumor types • Clinical Trials Coverage: Over 1,000 clinical trials • Immuno-oncology Biomarker Coverage: Biomarkers TMB and MSI included; also inclusive of HLA regions, POLE1 and POLD1*. |
Recomended Sample Throughput | 8 samples per run (S2 flow cell), 800M paired-end reads, 35,000x coverage 24 samples per run (S4 flow cell), 800M paired-end reads, 35,000x coverage |
Hands-On Time | ~10.5 hours |
Input Quantity | 40 ng DNA, 40-80 ng RNA (need at least 2 mm3 FFPE tissue) |
Mechanism of Action | Target Enrichment Workflow |
Multiplexing | 192 IDT for Illumina Nextera DNA UD Indexes (used for TSO500 HT DNA and RNA libraries) |
Analytical Specificity | 99.9998% (for SNV detection) |
Analytical Sensitivity | > 96% |
Variant Class | Copy Number Variants (CNVs), Gene Fusions, Insertions-Deletions (indels), Single Nucleotide Variants (SNVs), Transcript Variants |
Method | Target Enrichment, Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing, Targeted RNA Sequencing |
Cancer Type | Pan-Cancer |
Species Category | Human |
System Compatibility | NovaSeq 6000 |
Nucleic Acid Type | DNA, RNA |
Technology | Sequencing |
Automation Capability | Liquid Handling Robots |
* Na základě databáze PierianDx k březnu 2020.
Gene Count | 523 genes for DNA |
Content Specifications | Targeted selection of 523 genes (full coding sequence) for a total of 1.94Mb panel size. • Guideline Coverage: Broad coverage of key guidelines for multiple solid tumor types • Immuno-oncology Biomarker Coverage: TMB and MSI* |
Sample Throughput | 16–192 samples per flow cell |
Hands-On Time | ~10.5 hours |
Input Quantity | 30 ng cfDNA (8-10 ml of plasma) |
Mechanism of Action | Hybrid-capture chemistry |
Multiplexing | Up to 8 on S2, and 24 on S4 using Xp-4 Lane workflow, 16 indexes maximum |
Analytical Specificity | ≥ 99.995% (small variants, ≥ 0.5% VAF) |
Analytical Sensitivity | ≥ 95% (small variants, ≥ 0.5% VAF) |
Method | Target Enrichment, Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing |
Variant Class | Copy Number Variants (CNVs), Gene Fusions, Insertions-Deletions (indels), Single Nucleotide Variants (SNVs), Somatic Variants |
System Compatibility | NovaSeq 6000 |
Species Category | Human |
Specialized Sample Types | Blood, Cell-Free DNA |
Technology | Sequencing |
Nucleic Acid Type | DNA |
Cancer Type | Pan-Cancer |
x* Na základě databáze PierianDx k březnu 2020.
Kit na přípravu knihovny a enrichement | TruSight Oncology 500 ctDNA (48 vzorků) |
Kit na přípravu knihovny a enrichement + interpretace dat pomocí PierianDx |
TruSight Oncology 500 ctDNA plus PierianDx interpretation report (16 indexů, 48 vzorků) |
Srovnání produktů TruSight Oncology 500
|
TruSight Oncology 500 | TruSight Oncology 500 High-Throughput | TruSight Oncology 500 ctDNA |
---|---|---|---|
Cancer Type | Pan-Cancer | Pan-Cancer | Pan-Cancer |
Content Specifications | Targeted selection of DNA from 523 genes of interest, and RNA from 55 genes, for a total of 1.94Mb panel size. • Guideline Coverage: Broad coverage of key guidelines for multiple solid tumor types • Clinical Trials Coverage: Over 1,000 clinical trials • Immuno-oncology Biomarker Coverage: Biomarkers TMB and MSI included; also inclusive of HLA regions, POLE1 and POLD1*. |
Targeted selection of DNA from 523 genes of interest, and RNA from 55 genes, for a total of 1.94Mb panel size. • Guideline Coverage: Broad coverage of key guidelines for multiple solid tumor types • Clinical Trials Coverage: Over 1,000 clinical trials • Immuno-oncology Biomarker Coverage: Biomarkers TMB and MSI included; also inclusive of HLA regions, POLE1 and POLD1*. |
Targeted selection of 523 genes (full coding sequence) for a total of 1.94Mb panel size. • Guideline Coverage: Broad coverage of key guidelines for multiple solid tumor types • Immuno-oncology Biomarker Coverage: TMB and MSI* |
Hands-On Time | ~10.5 hours | ~10.5 hours | ~10.5 hours |
Input Quantity | 40 ng DNA, 40 ng RNA | 40 ng DNA, 40-80 ng RNA (need at least 2 mm3 FFPE tissue) | 30 ng cfDNA (8-10 ml of plasma) |
Method | Target Enrichment , Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing, Targeted RNA Sequencing | Target Enrichment , Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing, Targeted RNA Sequencing | Target Enrichment , Target Enrichment, Targeted DNA Sequencing |
Nucleic Acid Type | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA |
Specialized Sample Types | FFPE Tissue | FFPE Tissue | Blood, Cell-Free DNA |
Species Category | Human | Human | Human |
System Compatibility | NextSeq 500 , NextSeq 550 , NextSeq 550Dx in Research Mode | NovaSeq 6000 | NovaSeq 6000 |
Technology | Sequencing | Sequencing | Sequencing |
Variant Class | Copy Number Variants (CNVs), Gene Fusions, Insertions-Deletions (indels), Single Nucleotide Variants (SNVs), Transcript Variants | Copy Number Variants (CNVs), Gene Fusions, Insertions-Deletions (indels), Single Nucleotide Variants (SNVs), Transcript Variants |
Copy Number Variants (CNVs), Gene Fusions, Insertions-Deletions (indels), Single Nucleotide Variants (SNVs), Somatic Variants
|
* Na základě databáze PierianDx k březnu 2020.
Tabulka klíčových biomarkerů
TruSight Oncology 500 zahrnuje celkem 523 genů pro DNA část a 55 genů pro RNA část. Kompletní seznam najdete zde.
Detection of currently relevant DNA & RNA variants for multiple types of cancer. Some key biomarkers include: |
---|
Pan-Cancer Biomarkers: NTRK1 NTRK2 NTRK3 MSI |
---|
Lung | Melanoma | Colon | Ovarian | Breast | Gastric | Bladder | Sarcoma |
---|---|---|---|---|---|---|---|
AKT1 | BRAF | AKT1 | BRAF | AKT1 | BRAF | MSH5 | ALK |
ALK | CTNNB1 | BRAF | BRCA1 | AR | KIT | PMS2 | APC |
BRAF | GNA11 | HRAS | BRCA2 | BRCA1 | KRAS | TSC1 | BRAF |
DDR2 | GNAQ | KRAS | KRAS | BRCA2 | MET | CDK4 | |
EGFR | KIT | MET | PDGFRA | ERBB2 | MLH1 | CTNNB1 | |
ERBB2 | MAP2K1 | MLH1 | FOXL2 | FGFR1 | PDGFRA | ETV6 | |
FGFR1 | NF1 | MSH2 | TP53 | FGFR2 | TP53 | EWSR1 | |
FGFR3 | NRAS | MSH6 | PIK3CA | FOXO1 | |||
KRAS | PDGFRA | NRAS | PTEN | GLI1 | |||
MAP2K1 | PIK3CA | PIK3CA | KJT | ||||
MET | PTEN | PMS2 | MDM2 | ||||
NRAS | TP53 | PTEN | MYOD1 | ||||
PIK3CA | SMAD4 | NAB2 | |||||
PTEN | TP53 | NF1 | |||||
RET | PAX3 | ||||||
TP53 | PAX7 | ||||||
TMB | PDGFRA | ||||||
PDGFRB | |||||||
SDHB | |||||||
SDHC | |||||||
SMARCB1 | |||||||
TFE3 | |||||||
WT1 |
* Produkt, který analyzuje DNA i RNA varianty se nazývá TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle.
Illumina DRAGEN Bio-IT Platforma – sekundární analýza dat 2-10x rychleji!
Jedna z možností provedení sekundární analýzy dat je pomocí softwaru DRAGEN.
V současné době k dispozici pro TruSight Oncology 500 ctDNA. Pro ostatní produkty portfolia TruSight Oncology 500 bude k dispozici začátkem roku 2021.
TruSight Oncology 500 | Běžný server* | DRAGEN server |
---|---|---|
Počet analyzovaných vzorků | Doba trvání analýzy | Doba trvání analýzy |
8 vzorků tkáňové biopsie | 5.5 hod. | 2 hod. |
16 vzorků tkáňové biopsie | 12 hod. | 3 hod. |
32 vzorků tkáňové biopsie | 18 hod. | 5 hod. |
72 vzorků tkáňové biopsie | 24 hod. | 10 hod. |
24 vzorků tekuté biopsie (ctDNA) | 216 hod. (9 dní!) | 22 hod. (<1 den!) |
*Časy se mohou lišit podle specifikace konkrétního serveru.
Více informací najdete na stránkách Illumina
Interpretace dat pomocí softwaru PierianDx Clinic
K získání výsledného reportu analýzy pomocí TruSight Oncology 500 je možnost využít software Pierian Dx CGW, který provádí analýzu pomocí rozsáhlé databáze vědeckých článků, informací o jednotlivých lécích a klinických studií. Stačí nahrát soubory dat z analýzy (BAM, FASTQ, VCF) a PierianDx CGW vytvoří přehledný report.