TruSight Oncology 500 HRD - Illumina

TruSight Oncology 500 HRD je novinka z řady TruSight Oncology 500. Jedná se o nadstavbu k produktu TruSight Oncology 500, která umožňuje stanovení deficience homologní rekombinace (HRD) prostřednictvím hodnocení skóre genomové nestability (GIS).

Výzkum nádorových onemocnění se neustále posouvá a postupně se objevují nové molekulární signatury vyskytující se v různých typech rakoviny. Deficience homologní rekombinace (HRD) je jeden z biomarkerů, který stále více nabývá na důležitosti u nádorů vaječníků, prsu, slinivky břišní a prostaty. Nicméně hodnocení HRD může být pouze částí komplexního pohledu na genomiku těchto typů nádorů. Například u rakoviny vaječníků představují mutace BRCA1 a BRCA2 pouze zhruba 20% pacientů s vysokostupňovým serózním karcinomem vaječníků (HGSOC). Mohou být ale přítomny i další genetické mutace a biomarkery, jako je nádorová mutační nálož (TMB) a mikrosatelitní nestabilita (MSI).

K získání komplexního pohledu na genetiku nádoru jsou zapotřebí další informace. Lze použít iterativní testování jednotlivých genů či malé multigenové panely. Tyto přístupy však nepřinášejí dostatečné množství informací, které jsou potřeba. V poslední době se tedy stále častěji volí nový přístup nazývaný komplexní genomické profilování nádorů (CGP). CGP je metoda založená na sekvenování nové generace (NGS), která umožňuje současné hodnocení stovek biomarkerů v jediném testu z jediného vzorku, což maximalizuje schopnost najít relevantní změny.

TruSight Oncology 500 HRD je test založený na NGS, který využívá osvědčenou technologii Illumina a algoritmu Myriad Genetics GIS, aby umožnil hodnocení spojení CGP a HRD do jednoho testu. Umožňuje tak laboratořím získat podrobné a přesné informace o více než 500 genech a genomických signaturách, které mohou pomoci odhalit genomickou povahu nádoru a odkrýt poznatky.

Deficience homologní rekombinace

HRD je komplexní genomický znak, který je výsledkem neschopnosti buňky opravit dvouřetězcové zlomy DNA pomocí homologní rekombinační opravy (HRR). Schopnost opravovat poškození DNA je nezbytná pro udržení genomové stability a buněčných funkcí, zajištění chromozomální integrity a životaschopnosti buněk. Dráha HRR je zprostředkována několika geny, přičemž klíčovou roli hrají geny BRCA1 a BRCA2. Pokud je dráha HRR narušena, dvouřetězcové zlomy jsou pak opravovány pomocí dráhy NHEJ (nonhomologous end joining), která je velice náchylná k chybám. V takto poškozených buňkách pak často dochází k postupnému hromadění mutací a chromozomálních přestaveb.

Genomové jizvy a GIS

Genomové jizvy jsou aberace, které vedou ke strukturálním změnám chromozomů. Nejvýznamnějšími genomovými jizvami jsou ztráta heterozygozity (LOH) , telomericko-alelická nerovnováha (TAI) a rozsáhlé stavové přechody (LST). Při společném měření těchto tří genomových jizev vzniká skóre genomové nestability (GIS), které lze použít jako ukazatel stavu HRD.

Určení statusu HRD

HRD status lze určit na základě vyhodnocení přítomnosti kauzálních genů (BRCA a dalších HRR genů) a/nebo vlivu genomového zjizvení. V současné době je k dispozici několik testů pro měření stavu HRD, z nichž každý má svá vlastní kritéria. Některé testy hodnotí pouze % LOH pro určení genomové nestability. Přibývá důkazů, že hodnocení všech tří genomových jizev (LOH, TAI, LST) může maximalizovat identifikaci vzorků HRD pozitivních. Na rozdíl od jiných komerčních testů umožňuje řešení TruSight Oncology 500 HRD hodnotit všechny tři genomové jizvy. Výsledkem je vysoce citlivé a spolehlivé posouzení stavu HRD a dalších genomových variant souvisejících s rakovinou, které jsou potenciálně přítomny ve vzorku.

Komplexní obsah

Obsah pro TruSight Oncology 500 byl navržen ve spolupráci s uznávanými autoritami v onkologické komunitě a zahrnuje současné i nově vznikající biomarkery s komplexním pokrytím genů zapojených do klíčových doporučení a klinických studií pro různé typy nádorů. Design panelu zachycuje známé i nové genové fúze a zahrnuje 523 genů pro detekci variant, které pravděpodobně hrají roli v nádorovém bujení. Biomarkery zahrnují jednonukleotidové varianty (SNV), inzerce/delece (indely), varianty v počtu kopií (CNV), genové fúze, velké přestavby v genech BRCA a komplexní imunoonkologické genomické znaky, jako je mikrosatelitní nestabilita (MSI) a nádorová mutační zátěž (TMB). TruSight Oncology 500 HRD obsahuje také ~25 tisíc celogenomových sond speciálně navržených pro hodnocení genomických jizev v širokém spektru etnik. Počet SNP potřebných pro hodnocení GIS byl stanoven pomocí simulace in silico a SNP byly vybrány na základě údajů z projektu 1000 genomů.

Rychlá a přesná analýza

Datová analýza pro TruSight Oncology 500 HRD je k dispozici prostřednictvím analytického softwaru DRAGEN™ TruSight Oncology 500 v2, který využívá zrychlené, plně integrované bioinformatické algoritmy. Kromě rychlejší doby analýzy obsahuje verze v2 vysoce sofistikovanou HRD pipeline, která zahrnuje vlastní algoritmus GIS společnosti Myriad Genetics, který zajišťuje přesné výsledky a výstupy komplexního GIS skóre.