BaseSpace - Illumina

BaseSpace je webová bioinformatická platforma, která slouží k online sledování kvality sekvenování, zpracování osekvenovaných dat (zarovnání k referenčnímu genomu, volání variant..) a v neposlední řadě ke sdílení výstupních dat z daného sekvenačního experimentu. BaseSpace je plně podporován sekvenační platformou typu MiSeq, NextSeq a HiSeq. 

Zákazník si může zvolit před zahájením sekvenování, zda-li data budou vyhodnoceny pouze na sekvenační platformě nebo jej zároveň odešle na BaseSpace, kde proběhne paralelně jejich analýza. Výhodou odesílání dat na BaseSpace je nejenom jejich záloha a jednoduché sdílení, ale také využití on-line bioinformatických softwarů, které jsou k dispozici v rámci rozhraní BaseSpace. BaseSpace je provozován Amazon Web Servisem, který splňuje ty nejvyšší podmínky pro zabezpečení dat.

K dispozici jsou následující aplikace pro sekundární analýzu dat:

• Resequencing
• Targeted Sequencing
• RNA-Seq
• Small RNA
• ChIP-Seq
• Metagenomics
• Variant Analysis
• Quality
• De Novo Assembly
• Gene Fusion Detection
• Methyl-Seq
• Tumor Normal
• Differential Expression
• Visualisation

Dále je velikou výhodou, že lze stáhnout ukázková data ze všech typů sekvenačních platforem a kitů v záložce Public data.

Registraci k BaseSpace můžete provést zde. 

Uživatelskou příručku si můžete stáhnout zde. 

Související odkazy