CASAVA

CASAVA je robustní bioinformatický software vytvořený Illuminou, který funguje na operačním sysému Linux a je používán pouze u platformy HiSeq. Po sekvenačním běhu HiSeq generuje obrazová data, která jsou analyzována v nálsedujících pěti krocích:

• Image Analysis
• Base Calling
• Bcl Conversion
• Sequence Alignment
• Variant Analysis and Counting

kde CASAVA provádí algoritmicky kroky 3 – 5. Bcl conversion je konverze *.bcl souboru do surového formátu FASTQ. Zároveň při tomto kroku dochází k roztřídění jednotlivých vzorků dle daného indexu (barcode), které byly smíchány před zahajením samotného sekvenování. Squence alignment je proces zarovnání FASTQ souborů k referenčnímu genomu (je-li k dispozici) a v posledním kroku analýzy se vyhledávají Single Nucleotide Polymorfismus (SNPs) a indely.

Minimální systémové požadavky jsou:

• Linux 64-bitový nebo jiná 64-bitová Unixová varianta
• 8 CPU jader, 48 GB RAM

Uživatelskou příručku si můžete stáhnout zde.

Související odkazy