•  
  • Řešení
  • Produkty
    Přístroje
    • TissueRuptor
    • PowerLyzer 24 Homogenizer
    • QIAscout
    • Příprava NGS knihoven
    • NGS sekvenátory
    • Microarrays
    • Automatické pipetovací systémy
    • Automatická extrakce NK
    • QIAamplifier
    • Rotor-Gene Q
    • QIAcuity Digital PCR System
    • Chromium Connect
    • Chromium iX/X
    • Xenium Analyzer
    Reagencie
    • PCR reagencie
    • Real-Time PCR reagencie
    • Sekvenační kity
    • Kity pro přípravu NGS knihoven
    • Long-Read Technologie
    • Visium prostorová transkriptomika
    Software
    • Software pro NGS
    Respirátory
    • Repirátor N95
  • Diagnostika
    Izolace NK
    • Izolace NK, manuální
    • Izolace NK, automatická
    PCR
    • Rotor-Gene Q MDX, artus
    • Rotor-Gene Q MDX, ipsogen
    • Rotor-Gene Q MDX, Therascreen
    NGS
    • TruSight Kardiomyopatie panel
    • TruSight Inherited Disease panel
    • TruSight Myeloid
    • TruSight Tumor 15
    • TruSight Tumor 170
    • TruSight Oncology 500
    • Respiratory Virus Oligo Panel
    • LymphoTrack
    • Celoexomové sekvenování (WES)
    • Celogenomové sekvenování (WGS)
    • VeriSeq PGS kit
    • VeriSeq NIPT Solution v2
    • TruSight Oncology Comprehensive (CE-IVD)
    Ostatní metody
    • Antigenní testy na detekci COVID-19
    • 2019-nCOV IgG/IgM Rapid Test
    • Perinatální diagnostika
    • Imunohistochemie
    • RISH a FISH
  • Firmy
    10x GENOMICS
    Arrow Diagnostics
    Covaris
    Diagenode
    IAB
    Illumina
    Invivoscribe technologies
    LGC Biosearch Technologies
    QIAGEN
    Vitrolife
  • Kontakty
    Obecný kontakt GeneTiCA GeneTiCA
    Produktová podpora Produktová podpora
    Aplikační podpora Aplikační podpora
    Technická podpora Technická podpora
  •  
    Genetica.CZGenetica.SKGenetica.HU
  •  
  •  
https://www.genetica.cz +420 272 701 055 Služeb 4 Praha
Úvod > Aplikace > Chromium Controller

Chromium Controller - 10x GENOMICS

10x Genomics technologie

Ucelené řešení nazývané “Chromium” využívající  GemCode technologii, která byla vyvinuta společností 10x Genomics, zahrnuje  -  přístrojové vybavení  Chromium Controller, 10x reagencie a volně dostupné softwary pro analýzu (Cell Ranger) a vizualizaci  (Loupe Cell Browser) dat na stránkách výrobce.

Chromium Controller

Chromium Controller je pokročilá mikrofluidní platforma umožňující masivně paralelní analýzy na úrovni jedné buňky („single cell”).  Přístroj Chromium využívá Next GEM mikrofluidní čipovou technologii, integrované řešení pro analýzu RNA a DNA molekul, která zajišťuje vytvoření individuálních mikroreakcí v nanolitrových kapičkách.

Next GEM technologie

Klíčovým prvkem Next GEM technologie je gelová partikule („Gel Bead”), která je pokrytá milionem primerů nesoucích unikátní 10x barkód (~3.6 milionů kombinací). Další část primeru obsahuje funkční sekvenci určenou k nasedání cílových molekul mRNA nebo tagmentovaných DNA. Primery pro transkriptomovou analýzu nesou navíc sekvenci UMI („Unique Molecular Identifier“), která slouží ke kvantifikaci jednotlivých traskriptů a k redukci chyb vzniklých při PCR amplifikaci. Uvnitř přístroje Chromium jsou gelové partikule smíchány s buňkami nebo jádry společně s reagenciemi, a poté přidány do prostředí oleje. Tímto procesem dochází k vytvoření až 10 000 individuálních emulzních kapiček obsahujících vždy jednu buňku nebo jádro, tzv. “GEMs” (Gel Bead–in–emulsion). Každá GEM se chová jako individuální reakční vezikula, ve které dochází k disociaci gelové partikule. Po nasednutí cílových molekul na uvolněné primery dochází k jejich označení unikátním 10x barkódem buď během přepisu z mRNA do cDNA nebo během extenze DNA fragmentů. Po provedení reverzní transkripce nebo amplifikace sdílí všechny fragmenty ze stejné buňky společný 10x barkód.  cDNA nebo DNA fragmenty označené 10x barkódy odpovídající stovkám až desetitisícům buněk jsou sloučeny do jedné reakce pro následné vytvoření finálních sekvenačních knihoven kompatibilních s Illumina platformami.  Analytický software (Cell Ranger) používá identifikaci barkódů ke zpětnému mapování sekvenačních čtení („readů”) pocházejících z jedné buňky nebo jádra.

Technická specifikace systému Chromium:

  • každý čip je schopný zpracovat až 8 vzorků souběžně v méně než 20 minutách
  • flexibilní kapacita enkapsulace od 500 – 80,000+ buněk nebo jader
  • vysoká efektivita záchytu buněk ze vstupního materiálu až 65 % („Cell Recovery Rate“)
  • nízká frekvence lokalizace více buněk v jedné kapičce („Doublet Rate“): >1 % při analýze 1600 buněk
  • validovaná velikost buněk: < ~30 µm
  • kompaktní velikost přístroje: 5,6 kg; rozměry: 20 x 26.3 x 16.4 cm
  • provedení kompletního protokolu od počátečního kroku získání buněčné suspense až po přípravu finálních sekvenačních knihoven během 1-2 dnů
  • doporučená hloubka čtení („Read Depth”) pro sekvenaci: minimum 20 000 čtení („readů”) na buňku

www.10xgenomics.com/Chromium Controller

Související odkazy

NextSeq 2000 - Illumina

NextSeq 2000

Logo 10x GENOMICS

Vyžádat informace o:

Chromium Controller

Údaje s hvězdičkou
jsou povinné
Copyright © 2023 GeneTiCA s.r.o. +420 272 701 055 | genetica@genetica.cz